Министерство в соответствии с возложенными на него задачами в установленном порядке осуществляет следующие функции:
в сфере лесопромышленного комплекса:

1. создание условий для привлечения инвестиций в лесную промышленность Иркутской области;
2. разработка предложений по строительству и вводу новых мощностей по заготовке и глубокой переработке древесины, техническому перевооружению, перепрофилированию и реконструкции лесозаготовительных, деревообрабатывающих и целлюлозно-бумажных организаций;
3. осуществление прогнозирования развития лесопромышленного комплекса Иркутской области;
4. подготовка предложений по определению основных направлений государственной политики в области ведения лесного хозяйства;
5. подготовка предложений о возможных путях реализации основных направлений государственной политики в области ведения лесного хозяйства;
6. разработка мероприятий по повышению эффективности использования, охраны и защиты лесного фонда и воспроизводства лесов;
7. формирование приоритетных направлений научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, связанных с использованием, охраной и защитой лесного фонда и воспроизводства лесов;
8. разработка мероприятий, направленных на развитие лесной промышленности;
9. подготовка предложений по определению ставок лесных податей;
   
   в сфере водных отношений:
10. обеспечение осуществления владения, пользования, распоряжения водными объектами, находящимися в собственности Иркутской области;
11. предоставление водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Иркутской области, в пользование на основании договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование за исключением случаев, установленных законодательством;
12. участие в организации и осуществлении государственного мониторинга водных объектов;
13. подготовка предложений об осуществлении резервирования источников питьевого водоснабжения;
14. реализация областных целевых программ по использованию и охране водных объектов или их частей, расположенных на территории Иркутской области;
15. осуществление мер по охране водных объектов, находящихся в собственности Иркутской области, а также водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Иркутской области;
16. осуществление мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в собственности Иркутской области, а также водных объектов, находящихся в федеральной собственности и полностью расположенных на территории Иркутской области;
17. участие в деятельности бассейновых советов.